Účelom Vodného diela Gabčíkovo je najmä ochrana pred povodňami, ktoré na priľahlom území Dunaja spôsobili viackrát katastrofické záplavy. Vodné dielo Gabčíkovo zabezpečuje plynulú celoročnú plavbu lodí, poskytuje elektrickú energiu v množstve cca 8% ročnej spotreby Slovenskej republiky.
Gabčíkovo - vodné dielo má veľmi významnú úlohu pri stabilizácii koryta Dunaja a vytvorilo tak podmienky pre ochranu vnútrozemskej delty Dunaja i možnosti pre rekreačný rozvoj celého priľahlého územia.